微生物除臭剂对畜禽粪便的除臭分两种途径：类是以添加剂的形式加到饲料中，以增加饲料蛋白的消化吸收以及减少臭气排放；第二类是以控制畜禽排泄后粪便臭味为主要目的而采取的一些措施，在日本、美国等以有益微生物稀释液喷洒或给畜禽饮用的大型畜禽养殖场中，困扰了多年的恶臭逐渐消失了，苍蝇密度大大下降,畜禽变得温顺、安静，产蛋、产肉率明显增加。 3.2.3在生活垃圾处理中的应用 控制垃圾恶臭有两种途径：(1)在没有腐化的垃圾中加入有益菌与纤维素分解菌、木质素分解菌等组成高效微生物接种剂,进行堆肥,使之转化成肥料重新利用。(2)在已腐化有恶臭的垃圾中加入微生物菌群,控制恶臭。 据技术查新，国外生物除臭技术近年来发展较快，国内近年也有机构投入研究，但未见产品进入市场。本项目的研究不仅从理论基础上阐明了生物除臭的基本原理，而且分离筛选出了新的微生物除臭菌系，研制出了生物除臭剂的组合配方，解决了微生物除臭菌系的混合发酵的技术难题，完成了生物除臭剂的工业化实验，并通过200多次的不同环境、不同靶标的应用试验，近百次的配方改进，使该项目产品更趋于合理和成熟。
微生物除臭剂由于生活垃圾中含有较多的有机物，如：剩饭、蔬菜根、叶、家禽、动物及鱼类的皮、毛、脂肪等并含有一定的水分，在堆积过程中由于通气不良及受到微生物的作用会产生各种异味，其主要成份为H2S和NH3，此外还有甲硫醇、甲胺、甲基硫等有机气体。在氧气量足够时，垃圾中的有机成份如蛋白质，在好氧细菌作用下产生NH3。在氧气不足时，厌氧细菌将有机物分解为氧化产物H2S和NH3、SO2、硫醇类、胺类等化合物，这些气体挥发性较大，易扩散在大气中，而且部分气体有毒，刺激性气味大，给周围的空气环境质量带来严重污染，对居民的工作、生活和身心健康造成很大危害。尤其是炎热的夏季，垃圾填埋作业区、垃圾场区及附近的异臭味更加严重，大量蚊蝇的滋生，使周围居民苦不堪言。苍蝇繁殖能力极强，呈几何级数增长，并具有较强的抗药性，使用普通药物消杀达不到应有的效果，而且会造成二次污染。垃圾除臭剂灭蝇剂通过有益微生物大量繁殖，通过自身代谢活动降解垃圾中有机物质，从而破坏蚊蝇虫卵正常生长的生态平衡，使其不能孵化，不能再生成蛆蛹和成蝇。对于已有和外来的成蝇同时进行消灭，灭蝇的效果达到90％以上。所以经灭蝇剂处理过的垃圾场，基本上没有蚊蝇和蛆蛹，也不会造成二次污染。